Desa Lifofa resmi menjadi desa sejak tahun 1976, setelah sebelumnya berstatus sebagai kampung. Kepala kampung pertama yang memimpin saat itu adalah Ahmad Korois. Pada tahun yang sama, Desa Lifofa dimekarkan menjadi empat desa, yaitu Lifofa, Wama, Nuku dan Tagalaya, yang kemudian secara administratif terbentuk pada tahun 2007. Di tahun 2007 itu juga setelah lahir 3 desa baru yang lahir dari desa lifofa maka lahir juga kecamatan baru di Tidore kepulauan yaitu Kecamatan Oba Selatan.

Kepala desa pertama setelah Lifofa menjadi desa adalah Hafel Bangsa, yang memulai masa kepemimpinannya sejak tahun 1962 ketika desa masih disebut kampung. Beliau menjabat selama 32 tahun dan dikenal sebagai tokoh sentral dalam pembangunan desa di masa awal. Pada masa itu, sekretaris desa dikenal dengan sebutan "juru tulis", dan dana desa yang diterima disebut dengan subsidi desa, bukan seperti sekarang.

Setelah masa kepemimpinan Hafel Bangsa berakhir, kepemimpinan dilanjutkan oleh Sukarno Bangsa, yang menjabat setelah proses pemilihan kepala desa pertama di tahun 1984. Beliau menjabat hingga tahun 1990. Setelahnya, desa dipimpin oleh Iskandar Hi. Hasan yang menjabat selama dua periode.

Pada tahun 1994, dilaksanakan kembali pemilihan kepala desa dan dimenangkan oleh Sukarno Bangsa untuk periode kedua. Setelah masa jabatan beliau berakhir, estafet kepemimpinan dilanjutkan oleh Mochtar Hi. Haruna, yang mulai menjabat pada saat dana desa mulai masuk ke Desa Lifofa tahun 2013.

Hingga saat ini, nama Desa Lifofa tidak pernah mengalami perubahan sejak pertama kali berdiri. Meski telah terjadi pemekaran wilayah, identitas dan nama desa tetap dipertahankan sebagai warisan sejarah dan kebanggaan masyarakat setempat.